Meddelande

Du befinner dig just nu på en äldre version av Pluggakuten, gamla.pluggakuten.se. Nya Pluggakuten lanserades den 6 februari 2017 och du finner forumet på www.pluggakuten.se.

På gamla.pluggakuten.se kan du fortfarande läsa frågorna och svaren som ställts, men du kan inte skapa ett nytt konto eller nya trådar. Är du redan medlem kan du däremot fortfarande logga in och svara i befintliga trådar. Nya frågor och nytt konto skapar du på det nya forumet, välkommen dit!
  • Forum
  •  » Biologi
  •  » [HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

[HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

cicci97
Medlem

Offline

Registrerad: 2016-11-05
Inlägg: 7

[HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

Hej, jag har tenta i övermorgon och övar på några gamla tentauppgifter. Trodde jag hade koll på hur man skulle göra detta men det visar sig att jag inte har det. Har kollat runt på YouTube efter en bra förklaring men hittar inget. Uppgiften lyder:

Jämför följande tre proteinsekvenser (alignment är redan gjort).

1) HEAEIKPLAQ SHATKHKIPV
2) MPNALSALSD LHAHKLRVDP
3) TDSTLKNLGS VHVSKGWVAD

a) Hur många identiteter finns i varje par?
b) Bestäm alla Blosum-62 score
c) Vilka två sekvenser är närmast släkt?

Ska man jämföra alla 6 st sekvenser eller ska man analysera dem som står bredvid varandra?

Snälla hjälp

 
SvanteR
Medlem

Offline

Registrerad: 2015-09-24
Inlägg: 626

Re: [HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

cicci97 skrev:

Hej, jag har tenta i övermorgon och övar på några gamla tentauppgifter. Trodde jag hade koll på hur man skulle göra detta men det visar sig att jag inte har det. Har kollat runt på YouTube efter en bra förklaring men hittar inget. Uppgiften lyder:

Jämför följande tre proteinsekvenser (alignment är redan gjort).

1) HEAEIKPLAQ SHATKHKIPV
2) MPNALSALSD LHAHKLRVDP
3) TDSTLKNLGS VHVSKGWVAD

a) Hur många identiteter finns i varje par?
b) Bestäm alla Blosum-62 score
c) Vilka två sekvenser är närmast släkt?

Ska man jämföra alla 6 st sekvenser eller ska man analysera dem som står bredvid varandra?

Snälla hjälp

Vad menar du med sex sekvenser? Det är ju bara tre. I a-uppgiften ska du jämföra alla par, dvs 1 och 2, 1 och 3, 2 och 3.

Har du någon lärobok eller något du fått på kursen om BLOSUM62? Det är nog svårgooglat annars, och du borde ha fått något kursmaterial. Här är två länkar, men jag vet inte om det är så här den som har skrivit tentan vill att du ska göra:

http://www.cs.columbia.edu/4761/assignm … rence1.pdf
http://www3.cs.stonybrook.edu/~rp/class … -Lec05.pdf

 

  • Forum
  •  » Biologi
  •  » [HSB] Bioinformatik - Jämför tre proteinsekvenser

Sidfot

Powered by PunBB
© Copyright 2002–2005 Rickard Andersson

Powered by Mattecentrum
 |  Denna sida använder cookies |  Kontakta oss |  Feedback |